De situationer, hvor der er nødvendigt at godskrive en salgsfaktura og/eller returneret en indgået betaling, er der alt efter fakturaens status og hvad der er aftalt med kunden om godskrivningen og håndtering af pengebeløbet.
Fakturaen skal annulleres
Når faktura har status som Uafsluttet eller Ikke afsendt (ikke hvis fakturakanalen er Sendes ikke) kan de annulleres med knappen Annuller på siden Salgsfaktura. Derved slettes fakturaens bogføringspåtegnelser.
Fakturaen er ikke annulleret, men den er ubetalt
Når fakturaen har en status, hvor den ikke længere kan annulleres, skal der oprettes en kreditnota. Den nemmeste måde at udfærdige en kreditnota på, er ved at anvende funktionen Kreditnota.
En kreditnota, der svarer til den oprindelige faktura, kan også udfærdiges med knappen Kopier på siden Salgsfaktura. Bilagstypen eller Forretningspartner kan ikke ændres ved kopiering af en faktura, hvorved der opstår en identisk faktura med undtagelse af fakturanummer, reference, faktura- og forfaldsdato med status som Uafsluttet. På fakturalinjen ændres angivelserne i felterne Antal til negative tal. Ved at ændre antallet, men ikke prisen, til negativ sørges der for, at både varemængderne og beløbene i rapporterne er korrekte.
Salgsfakturaen er som standardværdi posteret i bogføringen med Tilgodehavender i debet og Salg kredit. Til kreditnotaen kommer der som standardværdi en postering med Salg i debet og Tilgodehavender i kredit. Denne postering korrigerer også moms af salget, såfremt der indgår moms på fakturaen.
Såfremt det er aftalt med kunden, sendes der en kreditnota til kunden. Såvel salgsfakturaen som kreditnotaen kvitteres som betalt med salgsfakturaernes funktion Særtilfælde. Før fakturaerne kvitteres er der grund til at kontrollere Hentning af bilag på forsendelseslisten, at fakturaerne ikke afventer afsendelse, hvis de skal sendes.
Fakturaen er betalt, men beløbet betales ikke tilbage
Det er aftalt med kunden, at den betalte fejlagtige faktura godskrives og at kunden fratrækker den overskydende indbetaling ved den næste indbetaling. Først oprettes der en kreditnota ved at anvende funktionen Kreditnota eller sådan som det beskrives i punktet Fakturaen er ikke annulleret, men den er ubetalt og sendes til kunden.
Når kunden fratrækker kreditnotaen ved indbetalingen, kvitteres den som brugt med salgsfakturaernes funktion Særtilfælde. En faktura, hvis kreditnota er fratrukket ved indbetalingen, har efter en afstemning af betalingen status som Delvist betalt, og den kvitteres til slut som indbetalt med salgsfakturaens funktion Særtilfælde.
I bogføringen er den første salgsfaktura er posteret med Tilgodehavender i debet og Salg i kredit. Når der er afstemt en indbetalt til den, er der opstået en postering med Bankkonto i debet og Tilgodehavender i kredit. Kreditnotaen er posteret med Salg i debet og Tilgodehavenderne i kredit. Den nye salgsfaktura er posteret med Salg i debet og Tilgodehavenderne i kredit. Der er afstemt en indbetaling til den, som beløbsmæssigt er fakturabeløbet fratrukket med kreditnotabeløbet og posteret på kontoudtoget med Bankkonto i debet og Pengeoverførsler i kredit og afstemningerne samt som advisindbetaling med Pengeoverførsler i debet og afstemningen med Tilgodehavender i kredit. Slutresultatet er, at saldiene på kontiene Bankkonto og Salg er vokset med størrelsen af den nye salgsfaktura.
Faktura er betalt og pengene tilbagebetales
Det er aftalt med kunden, at den betalte fejlagtige faktura godskrives og at penge betales tilbage til kunden. Først oprettes der en kreditnota ved at anvende funktionen Kreditnota eller sådan som det beskrives i punktet Fakturaen er ikke annulleret, men den er ubetalt Kreditnotaen kvitteres som betalt med salgsfakturaernes funktion Særtilfælde.
Efterfølgende oprettes der en købsfaktura uden moms med et fakturabeløb svarende til det pengebeløb, der skal tilbagebetales, som konteres med Tilgodehavender i debet og Betalingsformidlingskontoen med kredit. Til brug for den slags købsfakturaer betaler det sig at oprette en indkøbsvare i varekartoteket, som har en nærmere fastlagt standardkonto og moms på 0%. Når den anvendes til konteringen og momsen automatisk bliver rigtig og den pågældende vare i rapporterne adskiller sig fra normale indkøb.
Den oprettede købsfaktura betales til kunden, og den posteres på kontoudtoget som betalt med Betalingsformidlingskonto i debet og Bankkontoen i kredit.
I bogføringen er salgsfakturaen posteret med Tilgodehavender i debet og Salg i kredit. Når der er afstemt en indbetalt til den, er der opstået en postering med Bankkonto i debet og Tilgodehavender i kredit. Kreditnotaen er posteret med Salg i debet og Tilgodehavenderne i kredit. Købsfakturaen er posteret med Tilgodehavender i debet og Betalingsformidlingskontoen i kredit. Betalingen er posteret med Betalingsformidlingskonto i debet og Bankkontoen i kredit. Følgen af de posteringer er, at der ikke er ændret på nogen kontos saldo.
og sendes til kunden.
Fakturaen er betalt to gange, men beløbet betales ikke tilbage
Kunden har betalt samme faktura to gange, og det er aftalt med kunden, at kunden fratrækker den overskydende indbetaling ved næste betaling.
Fakturaen, hvorfra den overskydende indbetaling er fratrukket, har efter afstemning af betalingen status som Delvist betalt, og den kvitteres til slut som indbetalt ved at afstemme den tidligere betaling med den.
Fakturaen er betalt to gange og pengene tilbagebetales
Kunden har betalt samme faktura to gange, og det er aftalt med kunden, at pengene betales tilbage til kunden.
Der oprettes og betales en købsfaktura uden moms, som konteres med Tilgodehavender i debet og Betalingsformidlingskontoen i kredit, såsom i punktet Fakturaen er betalt og pengene tilbagebetales.
I bogføringen er salgsfakturaen posteret med Tilgodehavender i debet og Salg i kredit. Når der er afstemt en indbetalt til den, er der opstået posteringer på kontoudtoget med Bankkonto i debet og Pengeoverførsler i kredit og afstemningerne samt som advisindbetaling med Pengeoverførsler i debet og afstemningen med Tilgodehavender i kredit. Den nye indbetaling har forårsaget posteringer på kontoudtoget med Bankkonto i debet og Pengeoverførsler i kredit og afstemningerne samt som advisindbetaling med Pengeoverførsler i debet og afstemningen med Tilgodehavender i kredit. Købsfakturaen er posteret med Tilgodehavender i debet og Betalingsformidlingskontoen i kredit. Betalingen er posteret med Betalingsformidlingskonto i debet og Bankkontoen i kredit. Følgen af de posteringer er saldiene på kontiene Bankkonto og Salg øget med beløbet på salgsfakturaen.
Funktionen Kreditnota
I salgsfakturaernes Særtilfælde findes knappen Opret kreditnota, som starter funktionen Kreditnota. 
Funktionen gør en salgsfaktura til kreditnota, som med hensyn til fakturalinjerne ellers er identisk med den oprindelige faktura, bortset fra at den er negativ. I fakturaens felt Yderligere oplysninger er der oplysninger om, hvad fakturaens kreditnota vedrører. Kreditnotaens kontering foretages i henhold til standardværdierne.
Kreditnotaen åbner et vindue med status som Uafsluttet, hvor den kan redigeres. Når fakturaen godkendes, åbnes kreditnotaens side Godkendelse, hvor fakturaens betalingsdato fastlægges, oprettes en købsfaktura og kreditnota sendes.
Der afkrydses ud for feltet Skal fakturaerne angives med statussen Betalt andetsteds?, såfremt både den oprindelige faktura og kreditnotaen skal have status som Betalt andetsteds. Som beløb på betalingstransaktionen kommer det markerede beløb på kreditnotaen. I feltet Betalingsdato vælges den ønskede betalingsdato. I rullemenuen Betalingsmåde vælges yderligere oplysninger om betalingsmåden. Som postbeskrivelse gemmes som standard kreditnotanummeret, mens teksten kan redigeres. Oplysningerne om den gemt betalingstransaktion anvendes såvel på den oprindelige faktura som på kreditnotaen.
I feltet Oprettes købsfakturaer? skal der vælges, hvorvidt den oprindelige faktura er betalt, før kreditnotaen udfærdiges. Hvis feltet er markeret med en afkrydsning, opretter programmet en købsfaktura til brug for tilbagebetaling af indbetalingen. Funktionen udfærdiger en købsfaktura, som med hensyn til fakturalinjerne ellers er identisk med kreditnotaen, bortset fra at den er positiv og ikke indeholder moms. I fakturaens felt Yderligere oplysninger er der oplysninger om, hvad fakturaens og kreditnotaens købsfaktura vedrører. Købsfakturaens kontering bliver med Tilgodehavender i debet og Betalingsformidlingskonto i kredit.
Der markeres i afkrydsningsfeltet Skal der sendes en kreditnota?, såfremt den oprettede kreditnota skal sendes til kunden.